Die wissenschaftliche Leitung (WL) der FH OÖ ist zuständig für die wissenschaftlich-pädagogischen und didaktischen Aufgabenbereiche sowie für die strategische Entwicklung der Forschungsschwerpunkte an den Fakultäten.

Die wissenschaftliche Leitung regelt neben anderen Punkten insbesondere Fragen der Zulassung und Anerkennung im Prüfungsbereich, trifft grundsätzliche Festlegungen zu Art und Umfang der Lehre durch die ProfessorInnen und ist Berufungsinstanz gegen Entscheidungen der StudiengangsleiterInnen im Bereich der Lehre.

Eine wichtige Kompetenz der wissenschaftlichen Leitung ist es auch, die Einrichtung neuer oder die Auflassung bestehender Studiengänge beim Erhalter zu beantragen.

Die wissenschaftliche Leitung ist weiters zuständig für die Verleihung akademischer Grade, sofern dies nicht im Kompetenzbereich des FHR liegt, sowie für die Verleihung von FH-Professorentitel und Ehrentitel.

Die wissenschaftliche Leitung wird aus den DekanInnen der vier Fakultäten der FH OÖ in Hagenberg, Linz, Steyr und Wels gebildet. Der Vorsitz wechselt nach dem Rotationsprinzip jedes Semester.